雏鸡大肠杆菌病在临床上有多种症状：
急性败血型常无明显症状而突然死亡。种鸡由于腹膜炎等引起卵巢或卵管的污染而引起蛋内的感染及卵壳的粪便污染引起蛋外的感染，导致虚弱雏鸡或初生雏鸡的大肠杆菌性败血症。病鸡离群呆立，或挤堆，羽毛逆立，食欲减退或废绝。粪便呈水样性带有泡沫的黄白色或黄绿色下痢，周围羽毛污染，因严重下痢而死。发病率和死亡率较高。
卵黄性腹膜炎病鸡外观腹部膨胀。腹腔及腹腔器官表面附着多量黄白渗出物，各器官发生粘连。腹腔中弥漫浸润着破裂的蛋黄液。蛋黄液凝固，或弥漫发生腹膜炎，使肠粘连。肠内容物易，肠壁、腹壁变绿，味恶臭。
脐炎幼雏脐部受感染时，脐带口发炎。鸡胚和幼雏会早期死亡，卵黄囊不吸收或吸收不全，囊壁充血、出血，内容物黄绿色、黏稠或稀薄水样、脓样，甚至卵黄内为脓血性渗出物，脐孔开张、发红、肿胀。
气囊炎5周龄～12周龄的雏鸡多发，表现为轻重不一的呼吸道症状，气囊混浊增厚，囊腔内常含有白色的干酪性渗出物。心包膜增厚，与胸骨相连。肝脏表面覆盖一层纤维素性渗出物。
全眼球炎单侧性的失明症散发，先眼睑肿胀，流泪，开始失明，然后瞳孔变混浊，再呈眼角膜混浊,眼球萎缩。
输卵管炎1月龄～2月龄雏鸡可见输卵管明显增粗，内积黄白色干酪样渗出物。成年产蛋鸡可见输卵管局部高度扩张，内积异形蛋样渗出物，表面不光滑，切面呈轮层状；输卵管黏膜充血、粗厚。
关节滑膜炎多见于肩膝关节。关节肿胀，周围组织充血水肿，关节中积有黏稠液，滑膜肿胀和增厚。