隐孢子虫病是一种全世界性的人、兽、禽共患寄生原虫病。现已发现，隐孢子虫可寄生于46种脊椎动物，其中包括多种鸟禽类，许多哺乳动物(包括人)、还有爬行动物和鱼类。禽的隐孢子虫有两种，一种是火鸡隐孢子虫，寄生于火鸡的小肠；另一种是贝氏隐孢子虫，寄生于鸡的呼吸道泄殖腔和法氏囊等处；这两种隐孢子虫不感染人，在我国许多地方都有报道。
【病原体与生活史】寄生于鸡的隐孢子虫只有一种，即隐孢子属的贝氏隐孢子虫(Cryptosporidiumbaileyi)：卵囊近似球形，大小为6-7.5微米×4.8-5.7微米。卵囊壁光滑无色，卵囊没有卵膜孔和极粒，内含4个裸露的子孢子，不形成孢子囊，有残体。
隐孢子虫的生活史与艾美耳球虫相似，也有裂体生殖、配子生殖和孢子生殖三个阶段。但是，这三个阶段都在同一宿主体内进行。卵囊被鸡吞食后，释放出子孢子，侵入寄生部位的黏膜上皮细胞，进行裂体生殖，经过两个世代以后，进行配子生殖，形成合子后，再进行孢子生殖，形成孢子化卵囊。成熟卵囊随鸡粪便排出体外就具有感染性。另外，隐孢子虫在宿主细胞内可形成薄壁卵囊，薄壁卵囊不排出体外，只进行自身感染，即直接释放出子孢子，继续进行上述三个阶段的发育。随粪便排出体外的是厚壁卵囊。
【流行特点】
(1)鸡的隐孢子虫病分布广泛，一年四季均可发生，但以温暖多雨的季节(8、9月)发病率较高。
(2)隐孢子虫卵囊抵抗力强，常用消毒剂，如碘酒，煤酚皂溶液、次氯酸钠、氢氧化钠等对其作用不佳。
(3)卫生条件差，易造成本病流行。
【临床特征】由于隐孢子虫在所寄生部位的黏膜上皮细胞内的裂体生殖，严重破坏了上皮细胞的完整性，出现相应的症状。雏鸡临床上常表现为精神沉郁、不食、粪便带血、痉挛性咳嗽、喷嚏、呼吸加快、口腔和鼻孔流黏液性鼻液等。可引起雏鸡死亡。
【诊断要点】
(1)剖检变化鸡泄殖腔、法氏囊发炎，有出血点，部分病鸡肝脏肿大，鼻腔和支气管黏膜受损，肺有浆液性炎症。
(2)实验室检查对隐孢子虫病来说，流行特点、症状及剖检变化都不是特异的，只能作为参考。确诊主要依靠粪便和组织内虫体的检查。粪便检查常用两种方法：一是粪便涂片染色法，二是饱和蔗糖液漂浮法。组织内虫体检查常用组织切片、染色法检查病变组织内的虫体。
【预防措施】本病重在于防。
(1)鸡隐孢子虫病的预防要加强饲养管理和环境卫生，定期清扫粪便污物，进行堆积发酵处理。
(2)成年鸡与雏鸡分群饲养。
(3)饲养场地和用具等应经常用热水或5%氨水等消毒。
(4)严防病鸡排泄物污染饮水、饲料等，以切断粪-口传播途径。
【治疗方案】鸡的隐孢子虫病目前无特效的治疗药物。有人认为大蒜素、某些磺胺类药物有一定效果。因此，加强护理，对症支持疗法显得比较重要。