鸡传染性法氏囊病的类似症状
(1)排白色水样稀粪：这类疾病包括肾型传染性支气管炎、沙门菌病等。与肾型传染性支气管炎的区别在于，ibd呈现死亡高峰曲线，无呼吸道症状。与沙门菌病的区别在于，ibd感染鸡的肝脏、心脏等不会出现炎性病变和坏死灶，用抗生素治疗无效。
(2)体温升高，精神沉郁，羽毛松乱：这类疾病包括新城疫和禽流感，区别在于ibd感染鸡无呼吸道症状，极少排黄绿色稀粪。
鸡传染性法氏囊病的类似病变
(1)肾脏病变：主要表现为花斑肾，输尿管尿酸盐沉积，类似病变有肾型传染性支气管炎、痛风等。与肾型传染性支气管炎的区别在于，ibd无支气管的出血性病变。与痛风的区别在于，ibd感染鸡的心脏、肝脏等内脏器官和关节无尿酸盐沉积。
(2)肌肉出血：主要表现在胸肌、腿肌出血，类似病变包括磺胺药物中毒，但区别在于磺胺药物中毒有用药史，停药后病情好转或停息，无传染性。
(3)法氏囊病变：主要是萎缩，类似疾病包括鸡传染性贫血、淋巴白血病、马立克病。与鸡传染性贫血的区别在于，ibd不会出现骨髓黄染、翅或腹部皮下出血等病变。与淋巴白血病、马立克病的区别在于，ibd发病和死亡急，无肿瘤病变。
鸡传染性法氏囊病的继发感染
发病后期，易继发新城疫、禽流感、大肠杆菌病等疾病。如果免疫时间不当，受母源抗体干扰引起免疫失败。传染性法氏囊病病毒易发生变异，未针对性地使用法氏囊病毒疫苗，亦不能预防该病的发生。